Următoarele sunt cele mai importante boli sau complicații la care pot contribui boala mână-aftoasă (HFMD):
Piele și subcutanat (L00-L99).
- Onicoliza (desprinderea parțială a plăcii unghiale de patul unghial) sau onicomadeza (desprinderea completă a plăcii unghiei de patul unghial) - în cursuri atipice: Pierderea unghiilor și unghiile de la picioare (de obicei în decurs de patru săptămâni după infecție).
Psihicul - sistem nervos (F00-F99; G00-G99).
- Encefalită (inflamația creierului), aseptic (foarte rar).
- Meningita (meningită), aseptic (foarte rar).
- Pareză (paralizie), asemănătoare poliomielitei.